有机肥效果不佳的原因有很多，主要有两大类，一类是肥料本身的原因，一类是使用方法的原因。 一、肥料本身的原因 1、养分 由于原材料本身养分低或发酵生产工艺原因，有些企业的有机肥发酵出来，其养分并不合格，加上有些厂连化验室都没有，一批批不合格产品就这样进入了市场。 2、pH值 在发酵过程中，pH变化较大，如果发酵过程控制不好，有可能发酵出来会发现pH在8.5以上，或5.5以下。特别是过酸的产品会导致农作物生长受阻或死亡。
化肥大量使用使蔬菜瓜果品质大大下降。由于作物不仅仅需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。 危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质。
有机肥还可以改良泥土，增加其保水保肥的能力，有机肥不光是我们在市场上购买的写着有机肥字样的产品，有机肥分为两大类，一类为粗有机肥，一类为商品有机肥，有机肥就是没有深加工的有机肥，它包括禽粪、畜粪、饼类、植物体等，再往下细分，禽粪包括鸟粪，鸡粪等，畜粪包括猪粪，牛粪，羊粪等，饼类包括豆饼，油料，花生饼等，植物体又包括麦秆，稻壳等在农村常见的东西，这些就是粗有机肥，只不外有些简朴，使用需要进行再加工，例如鸟粪和禽粪需要高温腐熟才能用。
