这种肥料一旦施入菜地，会促进和加重土传病虫草害的发生。种植番茄、辣椒、茄子时，青枯病、根腐病、猝倒病的发病率比腐熟有机肥增加30 ~ 40%。蛴螬，蛴螬等。喜欢生活在不分解的有机肥里。如果给蔬菜施用有机肥，这些土壤害虫就会频繁发生，反复发生。
成都蔬菜有机肥既不能用量不足，也不能过量使用。过量施用有机肥导致土壤中铵盐浓度高，导致蔬菜烧根，植物因烧根死亡，生长过快，导致大量落花落果。 用有机肥种植蔬菜，有机肥太靠近根系或有机肥直接接触根系等，会容易造成烧根等肥害。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。